生物菌肥不能和其它農(nóng)藥、部分化肥混用。為防止活菌致死不要與殺菌劑、殺蟲(chóng)劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺死生物菌。 在施用時(shí)，若施生物菌肥與防病蟲(chóng)、除草相矛盾時(shí)，可先施生物菌肥，隔2天后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時(shí)還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用，因?yàn)檗r(nóng)家肥在腐熟的過(guò)程中會(huì)發(fā)酵，這樣會(huì)直接殺死生物菌。